Afin de quitter l'île de Madagascar, les quatre New-yorkais mettent au point un plan si cinglé que cela pourrait effectivement fonctionner : les pingouins ont réparé -façon de parler- un vieil avion et, à l'aide d'un moyen de propulsion aussi ancestral qu'efficace, les voici s'embarquant pour les cieux, direction l'Amérique. Mais la route est longue jusque là-bas et leur coucou de fortune a tôt fait de s'écraser dans l'endroit le plus sauvage qui puisse être, la savane africaine.